Nama asalnya ialah Raja Muzafar atau Radin Bahar dan seterusnya bergelar Sultan Muzaffar Shah II apabila baginda menaiki takhta sebagai Sultan Johor ke-2 pada 1564-1570.Baginda merupakan anakanda kepada Sultan Alauddin Riayat Shah II

Sultan Muzaffar Shah II bersemayam di Johor Lama sebelum berpindah ke Seluyut pada tahun 1565. Baginda tidak suka Johor tunduk kepada Acheh.

Pada tahun 1568, baginda menghantar tentera membantu orang Portugis sekaligus mengundang kemarahan Acheh.

Pada tahun 1570, baginda mangkat di Seluyut disebut "Marhum Mangkat di Seluyut".